南方红豆杉病虫害较少。雨季湿度大，透风较差的部分会发生根腐、茎腐甚至烂根，可用70%敌克松500～800倍液喷施；

对于叶枯病和赤枯病，可用1%波尔多液喷施防治。

目前发现的虫害主要有蚧壳虫、蚜虫等，分别可采用速扑杀1000倍液、10%吡虫啉乳剂喷施防治。

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